Jeanne Ropars

Poste : Chargée de Recherche
Poste détaillé : Chargée de Recherche CNRS

Équipe : Génétique et Écologie Évolutives

Coordonnées :
Laboratoire Écologie, Systématique, Évolution
Bât. 360, rue du Doyen André Guinier
91405 Orsay Cedex

Tél : +33 (0)1 69 15 70 49

Fax :

Email : jeanne.ropars (at) universite-paris-saclay.fr

Laboratoire Ecologie, Systématique et Evolution

Activités de recherche

Je cherche à comprendre les mécanismes de l’évolution et de l’adaptation, incluant les transferts horizontaux de gènes, la reproduction sexuée, les flux de gènes et la diversité génétique. Pour se faire, j’utilise les champignons comme modèles car je pense qu’ils sont de bons modèles pour tester des hypothèses de biologie évolutive et développer de nouveau concepts. En effet, certains champignons possèdent de nombreux avantages expérimentaux : ils ont des petits génomes, ils sont facilement cultivables en conditions de laboratoire, ils ont des temps de génération courts, ils peuvent rester en vie longtemps congelés, ils sont faciles à transformer génétiquement et ils montrent une grande diversité en termes de lignées et de niches écologiques.

Ces caractéristiques permettent de répondre à des questions de biologie évolutive en utilisant des approches complémentaires, incluant les méthodes génomiques et expérimentales. En particulier, l’existence de multiples lignées de champignons distantes phylogénétiquement et utilisées dans la production du même type de nourriture procure un système modèle idéal pour étudier la répétabilité de l’évolution en fournissant plusieurs réplicas indépendants d’adaptation récente à une même niche écologique, sous sélection forte et récente. Depuis 2018, j’étudie la répétabilité de l’évolution en utilisant les champignons du fromage comme modèles, en me basant sur des analyses génomiques, historiques et des expériences.

Laboratoire Ecologie, Systématique et Evolution

Parcours

Since February 2018 : Permanent CNRS researcher position (Chargée de recherche CNRS), University of Paris-Sud XI, Orsay
2016-2018 : Post-Doc, Institut Pasteur, Paris, France – C. d’Enfert’s group, working on the human fungal pathogen Candida albicans
2014-2015 :Post-Doc, University of Ottawa, Ottawa, Canada – N. Corradi’s group, working on arbuscular mycorrhizal fungi
2012-2014 : Post-Doc, University of Paris-Sud XI, Orsay, France – T. Giraud’s group, working on Penicillium cheese fungi
2009-2012 : PhD in evolutionary biology, National Museum of Natural History, Paris, France – Supervision J. Dupont. « Systematics, adaptive mechanisms and sexual reproduction in cheese fungi »
2006-2008 : Master in Systematics and Evolution, National Museum of Natural History, Paris, France

Laboratoire Ecologie, Systématique et Evolution

Publications

2020

Ropars J, Didiot E, Rodriguez de la Vega R, Bennetot B, Coton M, Coton E, Snirc A, Le Prieur S and Giraud T. 2020. Domestication of the emblematic white cheese-making fungus Penicillium camemberti and its diversification into two varieties. Current Biology. https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(20)31272-0.

Ropars J, Bennetot B, Caron T, Lo YC and Giraud T. 2020. The domestication of Penicillium cheese fungi. Comptes Rendus de l’Académie des Sciences. https://comptes-rendus.academie-sciences.fr/biologies/article/CRBIOL_2020__343_2_155_0.pdf

Dumas E, Feurtey A, Rodríguez de la Vega RC, Le Prieur S, Snirc A, Coton M, Thierry A, Coton E, Le Piver M, Roueyre D, Ropars J, Branca A and Giraud T. 2020. Independent domestication events in the fungus maturing blue cheeses, Penicillium roqueforti. Molecular Ecology 14 : 2639-2660. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/mec.15359

Chen, E C, Mathieu S, Hoffrichter A, Ropars J, Dreissig S, Fuchs J, Brachmann A and Corradi N. 2020. More filtering on SNP calling does not remove evidence of inter-nucleus recombination in dikaryotic arbuscular mycorrhizal fungi. Front. Plant Sci. 1https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2020.00912/full?&utm_source=Email_to_authors_&utm_medium=Email&utm_content=T1_11.5e1_author&utm_campaign=Email_publication&field=&journalName=Frontiers_in_Plant_Science&id=543611#B2

2018

Chen, E. C., S. Mathieu, A. Hoffrichter, K. Sedzielewska-Toro, M. Peart, A. Pelin, S. Ndikumana, J. Ropars, S. Dreissig, J. Fuchs, A. Brachmann, and N. Corradi. 2018b. Single nucleus sequencing reveals evidence of inter-nucleus recombination in arbuscular mycorrhizal fungi. eLife 7:e39813.

Chen, E. C. H., E. Morin, D. Beaudet, J. Noel, G. Yildirir, S. Ndikumana, P. Charron, C. St‐Onge, J. Giorgi, M. Krüger, T. Marton, J. Ropars, I. V. Grigoriev, M. Hainaut, B. Henrissat, C. Roux, F. Martin, and N. Corradi. 2018a. High intraspecific genome diversity in the model arbuscular mycorrhizal symbiont Rhizophagus irregularis. New Phytol. 220:1161–1171.

Ropars, J., C. Maufrais, D. Diogo, M. Marcet-Houben, A. Perin, N. Sertour, K. Mosca, E. Permal, G. Laval, C. Bouchier, L. Ma, K. Schwartz, K. Voelz, R. C. May, J. Poulain, C. Battail, P. Wincker, A. M. Borman, A. Chowdhary, S. Fan, S. H. Kim, P. Pape, O. Romeo, J. H. Shin, T. Gabaldon, G. Sherlock, M.-E. Bougnoux, and C. d’Enfert. 2018. Gene flow contributes to diversification of the major fungal pathogen Candida albicans. Nat. Commun. 9:2253.

2017

Ropars, J., M. López-Villavicencio, A. Snirc, S. Lacoste, and T. Giraud. 2017. Blue cheese-making has shaped the population genetic structure of the mould Penicillium roqueforti. PLOS ONE 12:e0171387.

d’Enfert, C., M.-E. Bougnoux, A. Feri, M. Legrand, R. Loll-Krippleber, T. Marton, C. Maufrais, J. Ropars, N. Sertour, and E. Sitterlé. 2017. Genome Diversity and Dynamics in Candida albicans. Pp. 205–232 in R. Prasad, ed. Candida albicans: Cellular and Molecular Biology. Springer International Publishing, Cham.

Dupont, J., S. Dequin, T. Giraud, F. Le Tacon, S. Marsit, J. Ropars, F. Richard, and M.-A. Selosse. 2017. Fungi as a Source of Food. Microbiol. Spectr. 5.

2016

Ropars, J., Y. Lo, E. Dumas, A. Snirc, D. Begerow, T. Rollnik, S. Lacoste, J. Dupont, T. Giraud, and M. López‐Villavicencio. 2016. Fertility depression among cheese‐making Penicillium roqueforti strains suggests degeneration during domestication. Evolution 70:2099–2109.

Ropars, J.*, K. S. Toro*, J. Noel, A. Pelin, P. Charron, L. Farinelli, T. Marton, M. Krüger, J. Fuchs, A. Brachmann, and N. Corradi. 2016. Evidence for the sexual origin of heterokaryosis in arbuscular mycorrhizal fungi. Nat. Microbiol. 16033.

2015

Ropars, J.*, R. C. Rodríguez de la Vega,* M. López-Villavicencio, J. Gouzy, E. Sallet, É. Dumas, S. Lacoste, R. Debuchy, J. Dupont, A. Branca, and T. Giraud. 2015. Adaptive horizontal gene transfers between multiple cheese-associated Fungi. Curr. Biol. 25:2562–2569.

Ropars, J., and N. Corradi. 2015. Homokaryotic vs heterokaryotic mycelium in arbuscular mycorrhizal fungi: different techniques, different results? New Phytol. 208:638–641.

Ropars, J., R. C. R. de la Vega, M. López-Villavicencio, J. Gouzy, J. Dupont, D. Swennen, E. Dumas, T. Giraud, and A. Branca. 2015. Diversity and Mechanisms of Genomic Adaptation in Penicillium. P. 210 in Aspergillus and Penicillium in the Post-genomic Era. Ronald P. de Vries, Isabelle Benoit Gelber, Mikael Rordam Andersen.

Pintye, A.*, J. Ropars*, N. Harvey, H.-D. Shin, C. Leyronas, P. C. Nicot, T. Giraud, and L. Kiss. 2015. Host Phenology and Geography as Drivers of Differentiation in Generalist Fungal Mycoparasites. PLOS ONE 10:e0120703.

Cornille, A., A. Feurtey, U. Gélin, J. Ropars, K. Misvanderbrugge, P. Gladieux, and T. Giraud. 2015. Anthropogenic and natural drivers of gene flow in a temperate wild fruit tree: a basis for conservation and breeding programs in apples. Evol. Appl. 8:373–384.

Gillot, G., J.-L. Jany, M. Coton, G. Le Floch, S. Debaets, J. Ropars, M. López-Villavicencio, J. Dupont, A. Branca, T. Giraud, and E. Coton. 2015. Insights into Penicillium roqueforti morphological and genetic diversity. PLOS ONE 10:e0129849.

2014

Ropars, J., M. López-Villavicencio, J. Dupont, A. Snirc, G. Gillot, M. Coton, J.-L. Jany, E. Coton, and T. Giraud. 2014. Induction of sexual reproduction and genetic diversity in the cheese fungus Penicillium roqueforti. Evol. Appl. 7:433–441.

Ropars, J., G. Aguileta, D. M. de Vienne, and T. Giraud. 2014. Massive gene swamping among cheese-making Penicillium fungi. Microb. Cell 1.

Cheeseman, K.*, J. Ropars*, P. Renault, J. Dupont, J. Gouzy, A. Branca, A.-L. Abraham, M. Ceppi, E. Conseiller, R. Debuchy, F. Malagnac, A. Goarin, P. Silar, S. Lacoste, E. Sallet, A. Bensimon, T. Giraud, and Y. Brygoo. 2014. Multiple recent horizontal transfers of a large genomic region in cheese making fungi. Nat. Commun. 5:2876.

Gladieux, P., J. Ropars, H. Badouin, A. Branca, G. Aguileta, D. M. de Vienne, R. C. Rodríguez de la Vega, S. Branco, and T. Giraud. 2014. Fungal evolutionary genomics provides insight into the mechanisms of adaptive divergence in eukaryotes. Mol. Ecol. 23:753–773.

2012

Ropars, J., C. Cruaud, S. Lacoste, and J. Dupont. 2012. A taxonomic and ecological overview of cheese fungi. Int. J. Food Microbiol. 155:199–210.

Ropars, J., J. Dupont, E. Fontanillas, R. C. Rodríguez de la Vega, F. Malagnac, M. Coton, T. Giraud, and M. López-Villavicencio. 2012. Sex in cheese: evidence for sexuality in the fungus Penicillium roqueforti. PLoS ONE 7:e49665.

2010

Giraud, F., T. Giraud, G. Aguileta, E. Fournier, R. Samson, C. Cruaud, S. Lacoste, J. Ropars, A. Tellier, and J. Dupont. 2010. Microsatellite loci to recognize species for the cheese starter and contaminating strains associated with cheese manufacturing. Int. J. Food Microbiol. 137:204–213.