Les recherches menées à l’ESE couvrent de façon large les disciplines de l’écologie et de l’évolution, en s’intéressant à l’origine et la dynamique de la biodiversité, ainsi qu’à l’évolution et au fonctionnement des écosystèmes. Les effets des changements globaux, notamment du changement climatique, sur les populations, les communautés et les écosystèmes, et la réponse à ces changements constituent des thèmes transversaux au sein de l’ESE.

Les approches utilisées mettent en jeu une synergie entre observations in-situ, expérimentation et modélisation mathématique. Les recherches sont menées à des échelles variées, allant des gènes aux écosystèmes, et sur une grande diversité d’organismes (plantes, animaux, champignons, microorganismes).

Les champs concernés par nos recherches incluent l’écophysiologie végétale, l’écologie des populations, l’écologie des communautés, la biologie de la conservation, l’écologie fonctionnelle, l’ingénierie écologique, l’écotoxicologie, l’évolution (par exemple la génétique et la génomique évolutives, la coévolution, l’évo-dévo), et incluent également les sciences sociales pour l’étude des socio-écosystèmes. Certains projets de recherche menés à l’ESE sont fortement liés à des préoccupations sociétales contribuent au développement d’outils d’aide à la décision pour les gestionnaires de la biodiversité et des socio-écosystèmes.

Notre stratégie scientifique a pour objectif de promouvoir et soutenir des programmes de recherche centrés sur des questions (1) en écologie et/ou évolution, (2) concernant les interactions entre les processus écologiques et l’organisation des sociétés humaines, le tout dans le contexte actuel des changements globaux. Cette approche intégrative permet à notre unité d’aborder des enjeux cruciaux et de favoriser les interactions et les échanges générateurs d’idées innovantes aux interfaces des disciplines couvertes par l’éventail des recherches qui y sont menées. Les nouveaux projets qui émergent de ces interactions sont encouragés.

Dans le cadre de leurs recherches, les chercheurs et enseignants-chercheurs de l’unité nouent de nombreuses interactions au sein de réseaux avec d’autres équipes d’écologues et d’évolutionnistes au niveau local (dans le cadre de la FR3284-IDEEV, des unités de de Paris Centre), national (des GDR notamment) et international. L’ESE participe à la fédération de recherches FIRE « Fédération Ile-de-France de Recherche sur l’Environnement ». Ces interactions sont aussi ouvertes aux chercheurs d’autres disciplines, notamment les chercheurs des sciences humaines et sociales, ceci afin d’augmenter notre capacité à répondre à différents enjeux sociétaux.

Le laboratoire a été partie prenante dans le portage du LabEx Basc qui est devenu après 10 ans d’existence, un Objet Interdisciplinaire de l’Université Paris-Saclay, C-Basc (Centre d’Etudes Interdisciplinaire sur la biodiversité, l’agroécologie, la société et le climat, https://www.universite-paris-saclay.fr/objets-interdisciplinaires/centre-detudes-interdisciplinaires-sur-la-biodiversite-lagroecologie-la-societe-et-le-climat-c-basc). Il implique de nombreux laboratoires du plateau de Saclay.

Le Laboratoire est aussi impliqué dans l’Objet Interdisciplinaire MICROBES, dédié à la formation, à la recherche et au transfert de technologie dans le domaine des sciences microbiennes.

Les membres d’ESE sont également impliqués dans l’enseignement par et pour la recherche ainsi que dans des activités de médiation scientifique avec divers acteurs et évènements. Dans ce cadre le laboratoire a obtenu des financements de la diagonale Paris-Saclay sur les liens sciences/art. Le laboratoire est aussi référencé au sein de la MSH Paris-Saclay et a obtenu plusieurs financements en lien avec des projets sciences/société.  Le laboratoire est aussi impliqué dans l’Institut de Convergence C-Land autour des questions d’atténuation au changement climatique et aux changements d’usage des terres. (https://cland.lsce.ipsl.fr/about-us/cland-convergence-institute).

Les personnels du laboratoire sont également largement investis dans les instances liées à nos tutelles (INEE, INSB), dans les instances nationales type CNU, CNECA, CSS INRAE, section 52 du CNRS mais aussi à l’international notamment au niveau de IPBES (Intergovernmental Science-Policy Platform on Biodiversity and Ecosystem Services).

Un des personnels du laboratoire est membre de l’Académie des Sciences (Tatiana Giraud).

Enfin, le laboratoire est aussi très impliqué dans plusieurs chaires, la chaire Axa ( https://www.fondation.universite-paris-saclay.fr/les-chaires/chaire-axa-biologie-des-invasions), la chaire Vinci (https://www.lab-recherche-environnement.org/fr/), trois  industriels via des bourses Cifre (en cours). Il est impliqué dans une nouvelle chaire d’enseignements et de recherche « génie civil écologique » née en 2023 entre AgroParisTech, l’Union Professionnelle du Génie Ecologique (UPGE) et l’Ecole des Travaux Publics, du Bâtiment et de l’Industrie (ESTP) pour une meilleure insertion des pratiques de l’écologie dans les techniques et conceptions du génie civil.

Le laboratoire a aussi des partenariats importants en lien avec les gestionnaires de la biodiversité via des contrats de recherche notamment avec l’OFB (Office Français de la Biodiversité) mais aussi les PNR (Parc National Régionaux ou encore les conservatoires botaniques nationaux).

Laboratoire Ecologie, Systématique et Evolution
Laboratoire Ecologie, Systématique et Evolution
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Plateformes instrumentées et serre

L’unité dispose de deux plateformes instrumentées :

  • La plateforme du site forestier de Barbeau, en forêt de Fontainebleau est constituée d’une tour à flux lourdement équipée qui fournit des mesures intensives concernant les échanges de CO2 et de vapeur d’eau entre la forêt et l’atmosphère. Ce site géré par l’unité est intégré dans plusieurs réseaux tant au niveau national (GIP-Ecofor, SOERE F-ORE-T, TGIR-ICOSFrance) qu’international (ICOS-Europe ESFRI, ANAEE-Europe, FluxNet). Barbeau est un site pilote parmi les sites ICOS France.
  • La plateforme de recherche UNICELL est dédiée à la production des génomes et des transcriptomes de cellules individuelles. L’objectif de cette plateforme est de développer et adapter des protocoles pour trier des cellules individuelles procaryotes et eucaryotes grâce à des techniques de cytométrie en flux et de micromanipulation, et d’amplifier des génomes et produire des ADNc à partir des transcriptomes de cellules uniques en minimisant les contaminations et les biais d’amplification.

Les chercheurs de l’unité disposent d’une serre équipée de parcelles de pleine terre, de compartiments, chambre climatique, chambre de vernalisation, germoir, et grainier.

Innovation et transfert de technologie

Depuis 2008, Nathalie Frascaria-Lacoste (équipe TESS) a été impliquée dans une chaire VINCI (groupe rassemblant l’Ecole des Mines, l’Ecole des Ponts et AgroParisTech) intitulée «Lab Recherche Environnement  », (https://www.lab-recherche-environnement.org/fr/) dont a découlé la startup « Urbalia » (Vinci) visant à développer un outil de diagnostic de la biodiversité en milieu urbain (Biodi(v)strit). D’autres collègues du laboratoire (Bruno Colas, Equipe TESS) et Emmanuelle Baudry (équipe PEPA) sont aussi associés dans cette chaire dans le cadre de l’encadrement de doctorants.

Zoran Cerovic (équipe EV) a développé depuis 20 ans des outils et procédés pour le suivi de la végétation basé sur l’optoélectronique. Entre 2004 et 2020 cela s’est fait dans le cadre de la startup Force A en collaboration avec l’ESE (30 brevets ont été obtenus). Depuis 2020, la collaboration avec cette start-up s’est terminée mais l’équipe EV continue de développer une instrumentation spécifique qu’elle réserve maintenant à ses travaux de recherche.

Dans le cadre du programme ERC Proof of concept, Tatiana Giraud (équipe GEE) a collaboré avec la structure interprofessionnelle SAS LP (industrie laitière et fromagère). Cette collaboration est terminée après avoir fait l’objet d’une bourse CIFRE.

Le Laboratoire accueille aussi des boursiers CIFRE liés à certaines structures (A et Cetera entreprise, Ville de Paris par exemple).

Enfin, certains membres de l’équipe PEPA ont collaboré par le passé avec SANOFI, SUEZ et VEOLIA et continuent de collaborer avec SUEZ pour étudier l’impact des contaminations par des nano- et micropolluants issus des activités humaines sur les environnements aquatiques.

Laboratoire Ecologie, Systématique et Evolution