La tuberculose, causée par les bacilles du complexe Mycobacterium tuberculosis, reste la première cause de mortalité par maladie infectieuse au monde en 2019. Malgré sa faible prévalence dans les pays à forts revenus, elle cause plus d’1 million de morts par an. Cette forte mortalité est due au manque d’accès à des traitements suivis et/ou à des résistances aux antibiotiques. Le bacille tuberculeux présente une forte diversité phylogéographique, probablement en lien avec les migrations humaines du début du Néolithique, mais aussi une diversité intra-patients qui est encore peu comprise.
Nous étudions les facteurs contrôlant la diversification neutre et la diversification adaptative du bacille, y compris, la diversification intra-hôtes et l’émergence de la résistance aux antibiotiques.